A silikonował, ale jak się okazało niepotrzebnie...
Rozumiem, że woda pojawia się na podsufitce, a konkretnie w narożnikach rynienki podsufitkowej pomiędzy tylnymi drzwiami suwanymi, a właściwie pomiędzy słupkami środkowymi. I pewnie zdarza się po obydwu stronach ale niekoniecznie razem.
U mnie sprawa wyglądała następująco.
Woda pojawiała się tam właściwie tylko w czasie postoju na dużym deszczu. Samochód garażuję, więc zdarzało się to dość rzadko. Prawdopodobnie w czasie jazdy pęd powietrza dzięki spoilerowi kieruję wodę wyżej i nie wpada ona w szczelinę między ramą dachu a brezentem, a w czasie postoju...
U mnie woda dostawała się dwoma drogami.
Po pierwsze pomiędzy przednią krawędzią brezentowego dachu, a ramą zamocowaną do samochodu w przednich narożnikach. Mój dach jakby nie naciągał się do końca - brakuje mu z 5 mm, ale nie chcę z tym walczyć, bo lepsze jest wrogiem dobrego. Po prostu na ramie przykleiłem samoprzylepną uszczelkę okienną i jest ok.
Druga droga to otwory centrujące spoiler na dachu. Po jego odkręceniu (6 torxów) i zdjęciu zobaczysz o co chodzi. W dachu prócz otworów na śruby mocujące są chyba 2 lub 3 takie, w które wchodzą plastikowe trzpienie spoilera. Niby są tam uszczelki (a przynajmniej powinny być) ale starzeją się i tracą właściwości. Woda wpływająca tędy dostaje się na podsufitkę w okolicy tyłu lampki (przynajmniej u mnie tak było), a stamtąd spływa w lewo lub prawo w zależności od ustawienia samochodu i w efekcie kapie z narożników koło słupków, o których pisałem wyżej, bo już nie ma gdzie dalej spłynąć. Kiedyś po prostu w czasie deszczu z lekka zdemontowałem podsufitkę i obserwowałem skąd kapie.
Podsufitka fabrycznie jest przyklejona do dachu przez styropianowe klocki. To jakiś specjalistyczny klej/pasta, ale na silikonie też się trzymają

Bezoctowym oczywiście.
A dachu nie rozbieraj. Po pierwsze nic to nie da, po drugie, jak uszkodzisz uszczelkę to jesteś w czarnej d..., bo przewiduję duuuuże problemy (finansowe również) z nabyciem takowej, a po trzecie to kupa roboty. Nie potrzebnej w tym wypadku na szczęście.

EDIT:
Trochę przeedytowałem posta, bo pamięć ludzka jest zawodna zwłaszcza w kwestii szczegółów. Dodaję tez zdjęcia.
W taki sposób woda rozpływa się na boki. Albo górą przez ramę dachu, albo przez nieszczelne otwory spoilera. W narożnikach stoi i zaczyna przeciekać.

- 1.jpg (73.09 KiB) Przeglądane 279 razy
Kiedyś po deszczu w tym miejscu znalazłem wodę.

- 2.jpg (46.31 KiB) Przeglądane 277 razy
Z obserwacji wynikało, że spływała z górnej "kałuży" na dół. A górna kałuża u mnie powstawała w taki sposób, że woda z rozpryskujących się o dach kropel dostawała się pod słabo naciągnięty brezent najprawdopodobniej od przodu i zbierała się na górnej powierzchni ramy, po czym spływała na niższe piętro i dalej na podsufitkę.

- 3.jpg (51.41 KiB) Przeglądane 277 razy
Na czerwono zaznaczyłem uszczelkę która ma zapobiegać podciekaniu wody. Ale warunkiem jest ścisłe przyleganie brezentu do tej uszczelki. Abstrakcja...
dołożyłem więc swoją. To ta brązowawa. Od tego czasu (odpukać!) mam spokój.

- 4.jpg (60.78 KiB) Przeglądane 277 razy